En 1974, le Frère Omer Deschênes fonde l’organisme sur la rue BonSecours dans le Vieux-Montréal pour venir en aide aux sans-abri et leur offrir de l’hébergement.
En 1980, à la suite d’un incendie des locaux voisins, la Résidence BonSecours est relocalisée sur la rue Dublin dans le quartier Pointe St-Charles. Le nouvel emplacement permet de rehausser son offre de services.
À partir de 1988, en plus des services d’hébergement, BonSecours offre des services de réhabilitation et de réinsertion sociale pour les itinérants alcooliques et toxicomanes.
En décembre 2000, BonSecours déménage dans ses nouveaux locaux, plus fonctionnels et plus modernes, situés au 11130 boulevard Pie‑IX à Montréal-Nord.
En 2005, l’équipe met en place un programme de thérapie axé sur le mode d’intervention humaniste lié à la dynamique de la psychologie du choix.
En avril 2008, BonSecours obtient sa certification du Ministère de la Santé et des Services Sociaux en tant que centre de réhabilitation avec hébergement pour alcooliques et toxicomanes.
En hiver 2009, la construction de la Résidence Omer Deschênes débute sur le terrain de BonSecours.
À l’automne 2009, BonSecours offrira 53 places dont 30 en programme de réhabilitation et 23 en programme d’intégration sociale.